Las primeras universidades europeas se fundan principalmente a lo largo del s. XIII, si bien la Universidad de Bolonia, que generalmente se considera como la primera universidad europea, fue algo anterior (1088). Mientras tanto, en España, tras los estudios generales de Palencia, las primeras universidades se fundaron en Salamanca (1218), Valladolid (1241) y Alcalá (1293). Su creación responde a la evolución de la educación de la Edad Media, que pasa de estar restringida a las escuelas monacales, a alcanzar una dimensión algo más abierta con las escuelas catedralicias, y avanzar en este proceso de apertura a la sociedad en los estudios generales y finalmente las universidades. Con este proceso se va eliminando el monopolio absoluto sobre la educación que la Iglesia venía manteniendo desde la Alta Edad Media, si bien las nuevas universidades siguen manteniendo una fuerte vinculación con la Iglesia, y en muchos casos fueron fundadas o directamente gestionadas por el poder eclesiástico.
Con esta paulatina separación de la Iglesia, se amplían también los temas de estudio, que dejan de estar restringidos por los estrechos márgenes del trivium y quadrivium de las escuelas monásticas y catedralicias altomedievales para alcanzar otras artes liberales. Así, una de las motivaciones iniciales de la primigenia universidad de Bolonia fue el estudio del recientemente redescubierto código legal de Justiniano, mientras que otros centros como la escuela de Salerno en Italia o la Universidad de Salamanca destacan por sus estudios en medicina. Con ello, ya desde sus orígenes las Universidades destacan por ser no sólo centros de enseñanza, sino también de investigación y creación de conocimiento. Con estas funciones, serán importantes centros de crítica del escolasticismo medieval, y especialmente en Italia jugarán un importante papel precursor del desarrollo del humanismo que llegará con el Renacimiento.
Sin embargo, esta cierta relajación del control de la Iglesia no implica que las nuevas universidades estuviesen libres de otros mecanismos de control o uso político. Por el contrario, muchas universidades tomaron posturas activas en cuestiones de actualidad como el cisma, o fueron creadas para reforzar y consolidar intelectualmente alguna de las posiciones en estos conflictos. Como ejemplos pueden citarse las universidades fundadas en Francia por los ingleses durante su ocupación, o las universidades de Lovaina y Dole fundadas por Carlos el Temerario para acoger a los estudiantes borgoñeses expulsados de París por Luis XI. En otros casos, se dará a las universidades un carácter nacionalista que contribuya a reforzar las nuevas monarquías autoritarias, como fue el caso de las Universidades de París o de Praga. Al margen de estos usos partidistas, las universidades también jugarán un papel importante en el desarrollo de los nuevos estados centralizados que llegarán con la Edad Moderna como centros de formación del importante funcionariado que se necesitará para la gestión de estos estados.