Aunque podría decirse que la vertiente militar del proyecto de Justiniano, que contemplaba la restauración territorial del Imperio en Occidente, fue un fracaso, su reinado constituyó una época de indudable esplendor político y cultural, que entre otros aspectos incluyó reformas importantes en las estructuras políticas y económicas. Estas reformas estuvieron guiadas por dos principios rectores básicos: el romanismo como principio de restauración política, y la religión cristiana como guía moral y elemento unificador del Imperio.
Así, las reformas legislativas fueron uno de los legados más importantes y longevos del reinado de Justiniano. Con su labor en este campo, el cuerpo jurídico se estructuró en cuatro elementos principales: el Código justinianeo, constituido por las constituciones imperiales; el Digesto o Pandectas que recogía la obra de los principales jurisconsultos; la Instituta, que funcionaba como manual con fines de instrucción de los futuros funcionarios del estado; y las Novellas, o recopilación de las diversas leyes promulgadas posteriormente a la elaboración del Código. Esta obra legal constituyó una auténtica actualización y adaptación de la tradición legal del Imperio Romano a la nueva situación del Imperio Bizantino, y sirvió como base e inspiración para el ordenamiento jurídico de los estados europeos posteriores, pudiendo afirmarse que esta influencia llega hasta la actualidad.
Junto con estas reformas legislativas, se trataron de impulsar reformas de tipo económico, que protegieran a los agricultores y los pequeños propietarios frente a los abusos de los grandes propietarios y los cargos locales. Sin embargo, estas reformas tuvieron escaso efecto, pues la pretensión de proteger a estos pequeños propietarios reduciendo la presión fiscal a la que estaban sometidos, chocaban con la fuerte demanda de recursos que se requería para mantener las operaciones militares de restauración del Imperio en Occidente.
Por otro lado, en la vertiente religiosa, Justiniano trató de impulsar el cristianismo ortodoxo como elemento aglutinante de su Imperio. Dos decisiones clave que se pueden interpretar como consecuencias de esta visión fueron el cierre de la Academia de Atenas en el 529, con lo que se eliminaba uno de los últimos centros del pensamiento pagano (y, con él, la institución académica más longeva de la historia), y el acuerdo con el papado mediante el que Justiniano se comprometía a combatir la herejía en su territorio. Sin embargo, esta última pretensión se reveló problemática, en cuanto que algunas de las disidencias que se debían combatir según este acuerdo, como el monofisismo, tenían un fuerte arraigo en las provincias orientales como Siria y Egipto, con lo que al oponerse a ellas el Imperio también acrecentaba las tensiones entre el gobierno central y estas provincias. En este aspecto, la influencia de la emperatriz Teodora, con una visión más pragmática que primaba la reconciliación con estas provincias disidentes, fue decisiva, y tuvo efectos como el Concilio de los Tres Capítulos del 543 que rectificó y moderó algunos de los aspectos de la condena al monofisismo realizada en el concilio de Calcedonia.