Aunque desde los mismo inicios del cristianismo ya se pueden encontrar diferentes corrientes doctrinales, estas disidencias sólo empiezan a cobrar una verdadera relevancia social y política a partir de la consolidación del cristianismo como religión del Imperio a partir de los siglos III – IV. Entre las diversas corrientes heterodoxas surgidas en esos primeros años de la Iglesia, cabe destacar tres por su importancia: el gnoscticismo, el maniqueísmo y el arrianismo.
El gnosticismo se caracterizaba por dejar en un segundo plano la revelación portada por Jesús frente a la intuición religiosa directa. Se organizaba mediante sectas de carácter iniciático, con claras influencias del pensamiento pagano y la filosofía platónica, de la que tomaba conceptos como la separación dual entre el mundo material y la divinidad inmaterial Esta división tenía como consecuencia el desdén respecto de las acciones realizadas en el mundo material, consideradas intrascendentes, frente al conocimiento intelectual intuitivo de la divinidad, que era la única forma de salvación. Uno de los principales opositores a esta corriente fue el obispo Ireneo de Lyon, que la condenó como herejía en el año 180.
El maniqueísmo fue una doctrina impulsada por el príncipe persa Manes. Tenía fuertes influencias del zoroastrismo, en su concepción dual del mundo como oposición entre bien y mal representada por la pugna entre Dios y Satanás, y compartía elementos del gnosticismo como la relevancia dada a la investigación intelectual frente a la revelación. Su grado de disensión frente a la ortodoxia cristiana fue tan elevado que en ocasiones se la considera una religión separada en lugar de una disidencia (de la que el propio Manes se consideraba profeta), y tuvo una persistencia intermitente, pero muy prolongada, que llegó a extenderse hasta el año 1000.
Por último, el arrianismo se originó en los ambientes de especulación teológica de Antioquía y Alejandría en los que se formó Arrio. Uno de sus principales elementos doctrinales es la consideración de que Cristo está constituido de una naturaleza distinta a la de Dios Padre, si bien está imbuido de una fuerza divina procedente de Dios. Con esta postura se oponía a la doctrina ortodoxa de la Trinidad, motivo por la que fue condenada como herética en el concilio de Nicea de 325. Sin embargo, esta doctrina tuvo una larga pervivencia tras esta condena, con notables consecuencias sociales tanto en Occidente como en Oriente. En Oriente, el arrianismo se encuentra en el origen de otras disidencias relacionadas con la naturaleza humana y divina de Jesús como el nestorianismo y el monofisismo, que tuvieron amplia difusión en zonas del sur del Imperio Bizantino como Siria y Egipto y fueron uno de los principales motivos de los permanentes conflictos entre estas provincias y el poder central de Constantinopla, que persistieron hasta la conquista de estos territorios por los árabes. En Occidente la relevancia del arrianismo podría considerarse aún mayor, pues tuvo una amplia difusión entre los diversos pueblos germánicos, como visigodos, ostrogodos y vándalos, y mantuvo durante un largo tiempo una función de elemento aglutinante y diferenciador de estos grupos dirigentes frente a las poblaciones nativas, seguidoras de la doctrina ortodoxa, función que se mantuvo hasta la conversión del rey visigodo Recaredo I a la ortodoxia cristiana en el Concilio de Toledo (589), e incluso hasta años posteriores en las poblaciones lombardas de Italia.